• تاسست جامعة النيلين سنة 1993م حيث تم سودنتها من قبل ثورة الانقاذ في ذلك التاريخ بعد ان كانت فرع من جامعة القاهرة المصرية.
• قبل السودنة كانت الجامعة تشمل ثلاث كليات هي الآداب والقانون والتجارة ، ثم انشئت كلية العلوم قسم الفيزياء والرياضيات . الآن الجامعة اضافت تسع كليات جديدة فى المجالين النظرى والتطبيقى . اضافة الى التوسع فى الكليات الموجودة اصلاً باضافة بعض الاقسام لها
• فمثلاً نجد كلية الآداب قد اضيف لها قسم علم النفس واللغة الفرنسية وقسم اللغة الانجليزية اضافة للوثائق والمكتبات.
• كلية التجارة اضيف لها قسم الاجتماع والذى كان فى السابق يتبع لكلية الآداب – كما تم اضافة قسمي الاقتصاد والتأمين .
• كلية العلوم بعد ان كانت تضم قسمين قسمت لمدارس خمس هي
1- مدرسة التقانة الحيوية 2- مدرسة علوم الحياة 3- مدرسة علوم الارض 4- مدرسة علوم الحياة 5 مدرسة الفيزياء والفيزياء التطبيقية
من اللكليات ايضا التى اضيفت نجد كلية الطب - الاحصاء والحاسوب - الهندسة
كذلك اضيفت للجامعة برامج الدبلومات الوسيطة وبرامج الدبلومات العليا والماجستير والدكتوراة